Créer et diffuser la génétique porcine de demain

La génétique a un impact considérable sur le revenu des producteurs. Avec le resserrement récent des normes de compensation de l’assurance stabilisation des revenus agricoles (ASRA), le choix d’une génétique adaptée à cette nouvelle réalité économique québécoise devient de plus en plus critique pour le producteur afin de contrôler ses coûts de production et sa rentabilité. Pour y arriver, le producteur doit augmenter la productivité numérique des truies (augmenter le nombre de porcelets sevrés par truie par année) et réduire le coût de production par kilogramme de porc abattu. Pour ce faire, les porcs charcutiers doivent montrer une forte croissance, une conversion alimentaire plus basse, une faible mortalité et une prévalence faible en anomalies (hernie, cryptorchidie, etc.). De plus, les porcs doivent aussi rencontrer les critères de poids et de carcasse (gras dorsal, épaisseur de longe, etc.) demandés par les abatteurs afin d’optimiser le revenu par porc produit.

Une sélection génétique basée sur une approche économique

Chez PIC, le programme de sélection met l’emphase sur des critères destinés à améliorer l’économie globale des producteurs de porcs, qu’ils soient naisseurs, naisseurs-engraisseurs ou finisseurs. Pour y arriver, PIC sélectionne les meilleurs 2 % de la population (élite) pour le remplacement des verrats dans le nucléus (figure 1). Dans le cas des femelles, les meilleures 10 % sont gardées. Dans les nucléus PIC, le taux de remplacement chez les femelles est de plus de 125 % par an, soit plus du double de celui rencontré dans un élevage commercial conventionnel.



La sélection génétique est faite par le biais de lignées mâles et femelles spécialisées, comme le montre la figure 2. Chez les lignées mâles terminales comme le Piétrain, le Duroc et le Hampshire, les critères de sélection sont en lien avec le porc charcutier : l’augmentation de la croissance, l’amélioration de l’efficacité alimentaire, la réduction de la mortalité, la faible prévalence d’anomalies héréditaires (hernie, cryptorchidie, etc.) et les caractéristiques de carcasse. Chez les lignées femelles comme le Landrace et le Large White, les critères sélectionnés dans les lignées mâles sont inclus dans l’indice de sélection et représentent environ 40 % de l’indice. À cela, on ajoute les caractéristiques liées à la reproduction comme la taille des portées, le poids à la naissance et au sevrage, les taux de survie et le rythme de reproduction, le tout comptant pour 60 % de l’indice, mais les lignées maternelles montrent également un fort potentiel génétique pour les caractères de production, comme la conversion alimentaire et la rusticité (avec 90 % des porcelets nés vifs qui sont abattus). Il ne faut jamais oublier que la femelle commerciale transmet 50 % des gènes de croissance, d’efficacité alimentaire, de rusticité et de carcasse à sa descendance. Donc pour produire un porc à coût moindre, non seulement il faut considérer la prolificité et la productivité de la femelle, mais aussi la performance commerciale des porcs charcutiers qu’elle produit.



En ce qui a trait aux lignées mâles, les caractéristiques intrinsèques de chacune d’entre elles sont très différentes. Certaines descendances comme celles du Hampshire et du Piétrain sont très maigres, alors que d’autres, comme celle du Duroc, sont plus grasses et plus persillées. Le choix spécifique du verrat à utiliser selon le producteur dépend donc des besoins spécifiques des filières porcines québécoises. Certains abattoirs souhaitent avoir des carcasses maigres, alors que d’autres préfèrent des carcasses plus couvertes et plus persillées. Cela conduit à la création de grilles de paiement totalement différentes. Il en résulte des choix de verrats terminaux qui peuvent varier beaucoup. Par l’entremise d’une gamme variée de verrats terminaux, PIC peut mieux rencontrer les besoins spécifiques de chaque filière pour la partie concernant la carcasse. Une autre composante importante est l’amélioration du coût de production par porc. C’est pourquoi PIC met une emphase importante sur l’amélioration à caractère économique comme la croissance, la conversion alimentaire et la mortalité en engraissement. Aussi, PIC revoit chaque année le poids relatif de chacun des critères contenus dans l’indice en fonction du coût réel des intrants. Par exemple, si le coût de l’aliment augmente, le poids de la conversion alimentaire dans l’indice augmente. Il en résulte que la sélection des reproducteurs destinés aux éleveurs commerciaux et aux centres d’insémination artificielle (C.I.A.) est optimisée, car elle rencontre les réalités économiques spécifiques des producteurs québécois en termes de coût de production.

Des outils de sélection à la fine pointe de la technologie

Au-delà de l’application rigoureuse des bases de sélection en génétique porcine, PIC a développé en parallèle des approches novatrices et performantes. À titre d’exemple, toutes les lignées génétiques présentes dans les nucléus sont sélectionnées à partir de renseignements recueillis à la fois dans les élevages de tête et dans les élevages commerciaux. C’est ce qu’on appelle le programme GNX. Ce programme est en place depuis plus de dix ans. Ainsi, chaque verrat utilisé en nucléus produit un certain nombre de descendants dans des fermes commerciales lorsqu’il est accouplé en homospermie à des femelles hybrides. Dans ces fermes, nous mesurons entre autres la croissance, la conversion alimentaire et la mortalité des sujets dans des conditions sanitaires et de régie représentatives du producteur commercial moyen au Québec. Nous procédons également à des mesures de carcasse de même qu’à des mesures précises de découpe de carcasse et de qualité de viande. Toutes ces mesures sont ajoutées à celles prises traditionnellement dans les nucléus afin de permettre la sélection de la prochaine génération de reproducteurs. Cette approche unique à PIC améliore le taux de progrès génétique annuel de 25 % par rapport à des programmes génétiques basés sur des données recueillies en nucléus seulement. Ainsi, les animaux qui performent bien en nucléus, mais pas très bien en milieu commercial, sont simplement éliminés, ce qui est impossible à faire chez des schémas génétiques qui n’utilisent pas l’approche GNX. En d’autres mots, les verrats PIC qui montrent un indice élevé performeront bien sur le plan commercial, tant pour ce qui est de la croissance, de la conversion alimentaire et de la carcasse que pour des caractéristiques comme la mortalité et la morbidité en engraissement commercial. Ces performances maximiseront du coup le bénéfice économique de son utilisation chez le producteur.

Outre le programme GNX, PIC a développé ces dernières années un programme génomique unique qu’il a progressivement intégré à son processus standard de sélection et d’amélioration génétique, incluant le programme GNX décrit précédemment. Ce programme s’appelle le RBGS ou Relationship Based Genomic Selection (sélection génomique basée sur l’apparentement entre individus). La génomique représente l’étude plus fine des animaux, plus précisément de leurs gènes, par une analyse poussée de leur ADN. Ainsi, pour les porcelets nés dans les nucléus, des échantillons de tissus sont prélevés à la naissance et acheminés vers les laboratoires, là où l’ADN est extrait. Ces échantillons sont par la suite analysés grâce à des puces à SNP (single-nucleotide polymorphism)1 de faible et de forte densité. L’objectif est de recueillir de l’information sur plus de 80 000 marqueurs génétiques répartis à travers le génome. Par la suite, cela sert à déterminer le degré d’apparentement réel entre différents individus. Ce renseignement est rendu disponible au moment de la sélection finale des sujets vers 150 jours d’âge de manière à pouvoir mieux sélectionner les reproducteurs à fort potentiel. Traditionnellement, on fait la présomption que les frères et soeurs partagent 50 % de matériel génétique. En réalité, le degré d’apparentement véritable varie de 30 à 70 % en moyenne. En bref, une meilleure connaissance de la proximité génétique des individus entre eux permet à terme d’augmenter la précision de l’indice de sélection de 35 %, donc de mieux identifier les groupes d’individus porteurs d’améliorations génétiques et de bénéfices économiques pour le producteur. Les critères de faible héritabilité comme les qualités maternelles et la mortalité sont davantage affectés par l’utilisation de la génomique. Depuis 2014, PIC a pu augmenter le taux de progrès génétique annuel. Cela équivaut à un bénéfice additionnel de 0,71 $ par an et par porc, passant de 2,02 $ à 2,73 $ par porc. Ce progrès de 0,71 $ est cumulatif année après année. En 2020, c’est donc plus de 5 $ de bénéfice économique supplémentaire par porc commercial abattu qui seront créés grâce à l’utilisation de la génomique (figure 3).

Des solutions adaptées et personnalisées

Outre des programmes génétiques performants, PIC offre une gamme élargie de produits en fonction de besoins particuliers de certaines filières porcines. Pour les verrats terminaux, pas moins de neuf types sont disponibles. Chacun d’eux correspond à des besoins spécifiques du marché rencontrés dans les Amériques. Pour faciliter le choix de la lignée terminale à utiliser, PIC a développé un programme de validation de produits. Il permet de référencer les performances de charcutiers issus des différents mâles terminaux PIC et/ou ceux de la compétition. Les données de performance sont recueillies dans des contextes commerciaux variés et dans plusieurs pays. Les porcs sont acheminés dans différents abattoirs, et les données de carcasse et de qualité de viande sont également recueillies et validées. Des analyses statistiques sont effectuées par la suite pour valider si les écarts mesurés sont statistiquement valides ou, si vous préférez, s’ils peuvent se répéter dans un contexte commercial donné. Il devient alors possible de faire des choix génétiques plus avisés en fonction des besoins spécifiques d’une filière porcine en tenant compte des besoins du producteur et de l’abattoir (tableau 1). Par l’analyse des écarts, on peut également documenter les impacts de changement de lignée sur les performances techniques et économiques pour une structure commerciale donnée en se basant sur ses propres critères économiques. Les choix qui en découlent sont donc porteurs de succès, car ils sont basés sur des références techniques réelles et sur une assise économique rigoureuse.



Daniel Godbout, M. Sc., agr.
GÉNÉTICIEN ET DIRECTEUR
DES SERVICES GÉNÉTIQUES CANADIENS
PIC